È il fiume Farfa che scorre poco lontano, a dare il nome alla grande Abbazia. Questa fu costruita su complessi preesistenti, forse la villa dell'imperatore Commodo e forse un tempio dedicato alla dea Vacuna. Ha origine incerta che la tradizione fa risalire a San Lorenzo Siro. Comunque, alla fine del VI secolo, devastata dai Longobardi, fu abbandonata.

Leggenda vuole che la Madonna sia apparsa a San Tommaso di Morienna (o di Moriana), pellegrino savoiardo in terrasanta, per esortarlo a cercare in Sabina i resti di una basilica a lei dedicata. Così San Tommaso venne in queste terre e rifondò la comunità. Nei primi anni dell'VIII secolo il monastero godette della protezione e delle donazioni di Faroaldo II, Duca di Spoleto, e divenne un piccolo stato autonomo, tra il patrimonio di San Pietro ed il Ducato longobardo. Nel 774 l'Abate Probato (sabino), nella guerra tra Longobardi e Franchi, si schierò dalla parte dei Franchi, (e quindi del Papato). L'anno successivo, Carlo Magno visitò l'Abbazia, vi sostò e concesse a Farfa il privilegio dell'autonomia da ogni potere civile o religioso. Divenuta, quindi, imperiale, l'Abbazia crebbe in splendore ed in ricchezza. Raggiungerà nel terzo decennio del IX sec il massimo ampliamento.

Con lo sfaldamento dell'Impero carolingio, ebbe inizio la decadenza, accelerata dall'incalzare delle razzie saracene. Dopo 7 anni di resistenza a questi assalti, l'Abate Pietro divise i monaci ed il tesoro in tre parti e l'Abbazia, abbandonata, fu incendiata e divenne base saracena. Dei tre gruppi di monaci fuggiaschi, il primo fondò Santa Vittoria di Matenano nelle Marche, il secondo fu trucidato a Rieti dai Saraceni ed il terzo, che si era rifugiato a Roma, passato il pericolo, tornò a Farfa sotto la guida dell'abate Raffredo. Era l'anno 913. L'Abbazia era ormai priva di protezione imperiale ed i suoi possedimenti divennero oggetto di desiderio delle famiglie feudali romane (Crescenzi, Ottaviani e Stefanini) che si insediarono in molti suoi territori, divenendone di fatto padroni.

Con l'Abate Ugo I (997-1038), ci fu una ripresa, questi dette nuovo impulso alla comunità e riorganizzò la vita monastica secondo la regola clunicense.

Durante la lotta per le investiture, l'Abate Berardo I (1047-1089), si schierò a favore di Enrico IV (contro il papato) e l'abbazia riebbe carattere imperiale. Nel 1118 l'Imperatore Enrico V riconfermò pertinenti all'abbazia le zone di S. Eustachio e Palazzo Madama in Roma, e le città di Viterbo, Tarquinia, Orte, Narni, Terni, Spoleto, Assisi, Perugia, Todi, Pisa, Siena, Camerino, Fermo, Ascoli, Senigallia, Osimo, Chieti, Tivoli, il territorio aquilano, il Molise, il porto e metà della città di Civitavecchia.

Ma con il Concordato di Worms (1122), il monastero passò sotto il controllo dell'autorità pontificia, ne seguiranno decadenza economica e crisi monastica. All'inizio del 400, il Cardinale Francesco Tomacelli, nipote di Bonifacio IX, fu il primo Abate Commendatario.

Il prestigio dei secoli passati era ormai un ricordo, ma le famiglie nobili che ebbero la Commenda del monastero ne migliorarono le strutture. Gli Orsini, nella seconda metà del XV secolo, costruirono l'attuale chiesa.

I Barberini riordinarono ed ampliarono il borgo, utilizzato per le grandi fiere del 25 Marzo e dell'8 Settembre, ricorrenze dell'Annunciazione e della Vergine Maria, alla quale l'Abbazia è dedicata. La Commenda fu poi dei Farnese, dei Barberini, dei Lante della Rovere e fu soppressa nel 1784. Nel 1798 Farfa subì il saccheggio dei Francesi e nel 1861 fu confiscata dallo Stato italiano. Dal 1921 l'Abbazia appartiene alla comunità benedettina di S. Paolo fuori le mura.